Organy kościoła w Maniowach powstały dzięki usilnym staraniom ks. Prałata Antoniego Siudy oraz ówczesnego wójta Gminy Czorsztyn, Stanisława Wojtaszka. Budowę powierzono niemieckiej firmie Emil Hammer Orgelbau, która wykonanie szafy zleciła zakładowi stolarskiemu Jana Bańkosza ze Sromowiec Wyżnych.

Wzniesiono instrument 25-cio głosowy, posiadający trzy klawiatury ręczne (najniższa działa jako połączenie dwóch pozostałych) oraz klawiaturę nożną (pedał). Instrument posiada 1804 piszczałki metalowe i drewniane. Najmniejsza z nich ma zaledwie 9 mm średnicy a najdłuższa mierzy 4,60 m. Głosy manuału drugiego zamknięto w szafie ekspresyjnej. Głośność regulujemy pedałem otwierającym lub zamykającym żaluzje.

Instrument brzmi bardzo pięknie. Firma Emil Hammer wykonała kawał dobrej roboty dobierając odpowiedni zestaw głosów do wnętrz naszego kościoła. Na organach nagrywał utwory W. A. Mozarta świetny muzyk i koncertmistrz, Pan Maurycy Merunowicz. Świetny koncert zagrała także Pani Agata Kaperska, absolwentka Akademii Muzycznej w Krakowie.

Latem 2012 roku właściciel firmy, Pan Christian Eickoff wraz ze swoim pracownikiem dokonali bezpłatnego przeglądu instrumentu, wystroili piszczałki oraz wyregulowali stół gry.